Der abgeschiedene Planet Naboo wird von zwei Spezies bevölkert, den menschlichen Naboo und den amphibischen Gungans. Letztere meiden jeglichen Kontakt zu anderen Spezies, insbesondere den Naboo, weil sie der Ansicht sind, dass letztere sich für die überlegenere Spezies halten. Der Planet wird von der Handelsföderation, einem galaxisweiten Großunternehmen, blockiert. Die Föderation protestiert damit gegen erhöhte Handelszölle. Insgeheim steht die Führung der Handelsföderation in einem Bündnis mit einem gewissen Darth Sidious, der auf galaktischer Regierungsebene im Verborgenen seine schützende Hand über diese Rechtsbrüche zu halten scheint. Daraufhin entsendet Finis Valorum, der Kanzler des Galaktischen Senats, den Jedi-Meister Qui-Gon Jinn und dessen Padawan-Schüler Obi-Wan Kenobi, um in dem Konflikt zu vermitteln. Von Sidious aufgefordert, besetzt die Handelsföderation den Planeten mit ihrer Droidenarmee und versucht, auf ihrem Kontrollschiff die beiden Jedi umzubringen. Diese können zusammen mit Padmé Amidala, der Königin der Naboo, und einigen anderen in Richtung Coruscant fliehen, dem Sitz des Senats der Republik. Dabei wird ihr Hyperraumantrieb durch Sperrfeuer der Handelsföderation beschädigt, so dass sie zur Reparatur eine Zwischenlandung auf dem abgelegenen Wüstenplaneten Tatooine einlegen müssen.
Tatooine ist kein Planet der Galaktischen Republik, darum haben deren Gesetze dort keine Rechtskraft. Sklaverei ist deshalb erlaubt und normale Praxis. Zwar findet Qui-Gon bei Schrotthändler Watto passende Ersatzteile, doch seine republikanischen Zahlungsmittel (Galaktische Credits) sind auf Tatooine wertlos.
Als die Fliehenden während eines plötzlichen Sandsturms bei zwei Sklaven Wattos, dem neunjährigen und technisch sehr geschickten Anakin Skywalker und seiner Mutter Unterschlupf finden, schlägt Anakin dem Jedi vor, in einem bevorstehenden Podrennen die benötigten Ersatzteile für ihn zu gewinnen. Ein Podrennen ist ein Wettkampf mit bis zu 900 km/h schnellen Kapseln, die von zwei (oder mehr) Antriebseinheiten gezogen werden; die Fahrzeuge und Piloten werden Podracer genannt. Qui-Gon, der die außergewöhnliche Begabung Anakins spürt, geht auf den Vorschlag ein. Offiziell wettet er mit Anakins Besitzer Watto um die benötigten Ersatzteile, in einer geheimen Absprache zusätzlich noch um die Freiheit des Jungen. Anakin Skywalker gewinnt das Rennen und erfährt von Qui-Gon erstaunt, dass er frei ist.
Qui-Gon bittet ihn, mit ihm zu kommen, um sich einer Jedi-Ausbildung zu unterziehen. Beim Abflug nach Coruscant wird Qui-Gon von einem dunklen Krieger namens Darth Maul, entsandt von seinem Lehrer Darth Sidious, angegriffen und entkommt nur knapp.
Auf dem Zentralplaneten beginnt Amidala, die benötigte politische Unterstützung für ihren Planeten zu sammeln. Als dies an der Uneinigkeit des Senats zu scheitern droht, folgt sie dem Ratschlag Palpatines, des Senators von Naboo, den Kanzler abwählen zu lassen und einen durchsetzungsfähigeren einsetzen zu lassen. Auch Palpatine wird dabei als neuer Kanzler nominiert. Während ihres Aufenthalts auf Coruscant erfährt Amidala außerdem durch einen mitgereisten Gungan mit dem Namen Jar Jar Binks von der großen Streitmacht der Gungans. Daraufhin beschließt sie, nach Naboo zurückzukehren, da der Senat kurzfristig keine Lösung finden kann. Währenddessen stellt Qui-Gon Anakin dem Rat der Jedi vor. Dieser erkennt zwar Anakins außerordentliche Begabung, widerspricht aber der Ausbildung, weil er zu alt sei und schon zu viele negative Gefühle in sich trage. Dafür erhält Qui-Gon den Auftrag, die Königin der Naboo weiter zu beschützen und mehr über den dunklen Krieger herauszufinden. Die angereiste Gruppe bricht nach Naboo auf.
Dort gibt sich Amidala, bislang getarnt als Dienerin ihres Königinnen-Doubles, dem Anführer der Gungans namens Boss Nass zu erkennen. Nachdem ihre gesamte Delegation vor ihm auf die Knie fällt, kommt dieser zu der Erkenntnis, dass die Naboo sich offenbar doch nicht für überlegen halten. Er willigt ein, Amidala zu helfen, da die Droidenarmee die Gungans aus ihrer Hauptstadt vertrieben hat. Der Plan der Königin ist einfach: Während die Gungans einen Ablenkungsangriff außerhalb von Theed, der Hauptstadt von Naboo, unternehmen, will sie zusammen mit einigen Kämpfern in den Palast eindringen und den dort regierenden Vizekönig der Handelsföderation, Nute Gunray, gefangen nehmen.
Als die Widerstandskämpfer in der Hauptstadt ankommen, treffen sie den dunklen Krieger von Tatooine wieder. Die Jedi trennen sich von den anderen, um es mit ihm aufzunehmen. Amidala und ihr Trupp dringen in den Palast ein, wo sie gestellt werden. Durch ein Ablenkungsmanöver des Doubles von Amidala gelingt es ihnen schließlich doch, den Vizekönig gefangen zu nehmen. Unterdessen versteckt sich Anakin in einem Raumjäger-Cockpit und löst aus Versehen den Autopiloten aus, der ihn in den Weltraum zum Kontrollschiff der Handelsföderation trägt, welches gerade erfolglos von anderen Raumjägern der Naboo angegriffen wird. Durch Zufall und großes Glück gelingt es ihm, dieses zu zerstören und damit die Droidenarmee zu deaktivieren. Beim gleichzeitig stattfindenden Kampf der beiden Jedi mit dem dunklen Krieger wird Qui-Gon von Darth Maul getötet. Nach dessen Tod stellt sich Obi-Wan dem dunklen Krieger. Trotz seiner Unterlegenheit schafft er es, sich gegen Darth Maul durchzusetzen und zweiteilt ihn. Obi-Wan verspricht dem sterbenden Qui-Gon, dessen Wunsch zu erfüllen und Anakin Skywalker zum Jedi-Ritter auszubilden.
Es stellt sich heraus, dass der dunkle Krieger ein Sith, ein Mitglied eines Gegenordens der Jedi war, von dem man glaubte, dass er seit 1000 Jahren ausgestorben sei. Da die Sith immer zu zweit agieren, fragen sich Yoda und Mace Windu, ob der Meister oder der Schüler getötet wurde. Wegen seines Mutes im Kampf gegen den Sith erhält Obi-Wan den Rang des Jedi-Ritters und die Erlaubnis, Anakin Skywalker zu einem Jedi auszubilden. Außerdem wurde Palpatine zum neuen Kanzler der Republik gewählt. Mit einer ausgelassenen Parade feiern die Naboo und die Gungans ihre neugewonnene Freundschaft und den Sieg über die Föderation.