Der Film beginnt mit einer Rückblende auf den Kampf zwischen Gandalf und dem Balrog auf der Brücke von Khazad-dûm. Dabei stürzen beide in die Tiefe auf einen unterirdischen See zu. Bevor beide auf der Oberfläche auftreffen, endet die Rückblende und stellt sich als Alptraum Frodos heraus, der mit Sam durch die Emyn Muil wandert.
Die beiden werden zu dieser Zeit von Gollum verfolgt, was Frodo jedoch weiß. Als dieser sie Nachts überfallen will, sind sie jedoch darauf vorbereitet und nehmen ihn gefangen. Frodo hat Mitleid mit ihm und glaubt, Gollum könne sie an ihr Ziel nach Mordor führen. Sam hingegen ist von diesem Vorschlag wenig begeistert und beobachtet Gollum wachsam und misstrauisch. Nach einiger Zeit kann Sam seine Abneigung gegenüber Gollum kaum noch verbergen, während Frodo zunehmend Verständnis für ihn aufbringt, da er als Ringträger die Situation Gollums, der den Ring lange Zeit besaß, nachempfinden kann. Sie steigen schließlich aus den Hügeln hinab zu den Totensümpfen – dem Schlachtort des letzten Bündnisses am Ende des Zweiten Zeitalters. Dort gerät Frodo in den Bann der Sümpfe, stürzt hinein und sieht dort die Geister der Toten, die den Sumpf heimsuchen. Bevor er jedoch von ihnen in die Tiefe gezogen werden kann, wird er, zu seiner Überraschung, von Gollum gerettet. Nachdem sie außerdem vor einem Nazgúl fliehen konnten, die sich nun auf geflügelten Echsenwesen fortbewegen, gelangen sie schließlich ans Schwarze Tor. Dort müssen sie jedoch erkennen, dass sie es nicht ungesehen passieren können und werden von Gollum, der ihnen von einem geheimen, dunklen Weg erzählt, am Versuch gehindert. Daher entscheiden sie sich für den bislang ihnen unbekannten Weg über Ithilien, Minas Morgul und Cirith Ungol.
Den Hobbits Merry und Pippin gelingt es inzwischen, sich in den Wirren einer Auseinandersetzung unter verschiedenen Orkstämmen in Rohan, wobei diese auch noch von Éomer und seinen Reitern angegriffen werden, aus der Gewalt der Uruk-hai zu befreien. Bei ihrer Flucht geraten sie in den Fangorn-Wald und treffen dort auf einen Ent (Baumhirten) namens Baumbart, den ältesten der Ents, der sie zunächst für kleine Orks hält. Auch nach den Berichten der Hobbits, die vom zunächst nicht zu erkennenden weißen Zauberer identifiziert werden, ruft Baumbart ein Treffen aller Ents, ein „Entthing“ (vgl. das germanische Thing), zusammen. Die Ents lassen sich – nach Hobbitsicht, die als „hastig“ angesehen wird – sehr viel Zeit für ihre Beratungen und so werden Merry und Pippin zunehmend ungeduldig. Nach geraumer Zeit beschließen die Ents, sich aus der Sache herauszuhalten. Das können die Hobbits nicht verstehen, müssen es jedoch akzeptieren und bitten Baumbart, sie in den Süden des Fangorn zu bringen, um den Heimweg antreten zu können. Auf diesem Weg gelangen sie an den Rand von Isengart, wo Baumbart das Ausmaß der Verwüstung durch Saruman erkennt, der einen großen Teil des Waldes abholzen ließ, um seine Schmelzöfen zu beheizen. Dies erzürnt Baumbart so sehr, dass sein Fluch die anderen Ents herbeiruft und sie nun doch gegen Saruman in den Kampf ziehen.
Aragorn, der Zwerg Gimli und der Elb Legolas verfolgen die Spur von Merry und Pippin, um sie aus der Gefangenschaft der Uruk-hai und Mordor-Orks unter Grischnákh zu befreien. Als sie nach Rohan kommen, treffen sie dort auf Éomer und erfahren, dass dessen Männer am Tag zuvor alle Orks getötet haben. Sie glauben zunächst, dass dabei auch Merry und Pippin umgekommen seien. Später finden sie jedoch Spuren, die belegen, dass die beiden Hobbits flüchten konnten. So gelangen die drei in den Fangorn-Wald. Hier treffen sie überraschend auf Gandalf, den sie für tot gehalten hatten und ihn daher zunächst für Saruman hielten. Dieser erscheint ihnen nun verändert als „Gandalf der Weiße“.
Éomer und seine Reiter finden an den Furten des Isen den tödlich verwundeten Théodred und bringen ihn nach Edoras. Dort erzählt Éomer Théoden, dem König von Rohan, dass Saruman, der Herr von Isengart, sie verraten habe. Der geschwächte König steht unter dem Einfluss von Gríma Schlangenzunge, der heimlich für Saruman arbeitet, der ihm eingibt, dass nicht Saruman, sondern Éomer den König täuschen möchte. Éomer bemerkt zudem, dass Gríma seiner Schwester Éowyn nachstellt. Um Éomer loszuwerden, bewirkt Gríma, dass dieser aus Rohan verbannt wird. Éomer muss, von Getreuen begleitet, das Land verlassen.
Nachdem Gandalf Aragorn, Legolas und Gimli berichtet hat, dass Merry und Pippin außer Gefahr sind, begeben sie sich nach Edoras, um mit Théoden zu sprechen. Gandalf gelingt es, Théoden vom Einfluss Sarumans zu befreien. Théoden gewinnt seine geistige und körperliche Kraft zurück und versucht Gríma Schlangenzunge zu töten, doch Aragorn hält ihn davon ab und so darf Gríma die Stadt verlassen, begibt sich nach Isengart und berät Saruman zu den Vorgängen in Rohan, deren wahrscheinlichem Agieren und potentieller Schwächen. Der wiedererwachte Théoden muss jedoch zunächst einen verstorbenen Sohn betrauern und unter einem der Hügelgräber, auf dem Simbelmyne wächst, zur letzten Ruhe betten lassen.
Saruman baut in der Zwischenzeit seine Macht aus und stellt ein großes Heer aus Uruk-hai und Wargreitern auf und auch Saurons Kriegsvorbereitungen nähern sich ihrem Abschluss.
König Théoden lässt Edoras, die Hauptstadt Rohans, evakuieren und die Bewohner in die Burg in Helms Klamm bringen, obwohl Gandalf zum Kampf rät. Gandalf befürchtet, dass auch (die Hornburg in) Helms Klamm einem Angriff durch Sarumans Truppen nicht dauerhaft standhalten kann. Deshalb verlässt er Edoras, um den verbannten Éomer und seine Reiter zur Hilfe zu holen. Er kündigt seine Rückkehr im Morgengrauen des fünften Tages nach seiner Abreise an. Unterwegs erfährt Éowyn, die Aragorn bewundert, dass dessen Herz Arwen gehört. Auf ihrer Wanderung werden sie von den Wargen aus Isengart angegriffen. Im Verlauf des Kampfes stürzt Aragorn über eine hohe Klippe in einen Fluss und wird für tot gehalten.
In Helms Klamm bereiten sich alle auf einen großen Angriff vor. Selbst Greise und Knaben werden bewaffnet. Dennoch hat man aufgrund der zahlenmäßigen Überlegenheit von Sarumans Heer kaum Hoffnung. Diese wächst jedoch, als Aragorn, der den Sturz in die Schlucht verletzt überlebt hat, unverhofft wieder auftaucht und dem König von der Stärke und dem derzeitigen Standort von Sarumans Armee berichtet. Auf Initiative von Galadriel, die Elrond mahnt, dass man die Menschen nicht im Stich lassen dürfe, kommt zudem eine Schar elbischer Bogenschützen unter der Führung von Haldir aus Lothlórien den Menschen zur Hilfe. Das „letzte Bündnis“ zwischen Elben und Menschen, das zum zeitweiligen Sturz Saurons führte, wird somit erneuert. Kurz darauf beziehen rund Zehntausend Orks und auch andere Wesen wie Trolle vor Helms Klamm Stellung. Mit einem ungewollt abgeschossenen Pfeil aus der Festung bricht der Ansturm los. Die Schlacht zieht sich über Stunden hin, bis die Angreifer durch eine Sprengung eine Bresche in die äußere Verteidigungsmauer schlagen können. Haldir wird erschlagen und die Verteidiger müssen sich in die eigentliche Hornburg zurückziehen. Die Angreifer dringen auch hier gegen die Tore vor. Während Théoden nunmehr alles verloren erscheint, sieht Aragorn auch wegen des herannahenden fünften Morgens seit der Abreise aus Edoras noch eine Möglichkeit: anstatt sich im Innern zu verschanzen, wird ein Ausfall beschlossen und gemeinsam mit König Théoden reitet er den feindlichen Truppen entgegen.
Die Schlacht um Helms Klamm scheint zu diesem Zeitpunkt fast verloren, als Gandalf mit der versprochenen Verstärkung am Ort des Kampfes eintrifft. Er hat Éomer und seine Reiter gefunden, die mit einem Sturmangriff von einem steilen Westhang auf Sarumans Heer herabreiten und die Uruk-hai in die Flucht schlagen. Die Reste des Heeres fliehen in den Fangornwald und werden dort von den Bäumen und Huorns vernichtet.
Währenddessen erstürmen die Ents Isengart und reißen alle Gebäude nieder, befreien den aufgestauten Fluss Isen und fluten Isengart sowie alle unterirdischen Kammern und Gänge. Den Orthanc, Turm und Sitz Sarumans im Zentrum Isengarts, können sie aber nicht aufbrechen.
Sam und Frodo werden unterdessen in Ithilien Zeuge eines Angriffs von Faramir und seinem Heer auf Truppen der Haradrim mit Olifanten, an dessen Rande gefangen genommen und in den geheimen Unterschlupf der Menschen aus Gondor am Wasserfall Henneth Ammûn geführt. Hier verhört Faramir die beiden Hobbits und Gollum, wobei letzterer von den Menschen geschlagen und getreten wird. Er ist durchaus versucht, den Ring an sich zu nehmen, beschließt aber, sie und den Ring nach Minas Tirith vor seinen Vater Denethor, den Truchseß von Gondor zu bringen, um mit der Waffe des Feindes das Kriegsglück zu wenden. Als Faramir auf einen Hilferuf hin mit seinen Leuten zuerst die angegriffenen Truppen in West-Osgiliath verstärken will, erfolgt ein Angriff der Ringgeister. Faramir erkennt daraufhin die Bosheit des Ringes und entscheidet, Frodo und Sam auf dem von Gollum vorgeschlagenen Weg weiterziehen zu lassen, warnt sie aber vor einem Bösen, das auf diesem Weg lauern soll. Unterwegs wird immer klarer, dass Gollums dunkle Seite nach Frodos „Verrat“ bei der Festnahme am Verbotenen Weiher wieder die Oberhand gewonnen hat und während er Frodo und Sam immer weiter in Richtung Mordors führt, entwickelt er einen Plan, um sie zu ermorden: Eine noch nicht genannte „Sie“ soll die beiden töten, damit er ungefährdet den Ring wiederbekommen kann.