3067 v. Chr. zieht der Skorpionkönig, ein imposanter Krieger, aus, um die Welt zu erobern. Nach einem siebenjährigen Feldzug wird er besiegt und mit seiner Armee in die heilige Wüste von Ahm Shere vertrieben. Alle seine Männer sterben nacheinander auf dem Weg dorthin. Als letzter Überlebender bietet er schließlich Anubis einen Pakt an: Der Gott soll ihm das Leben und den Sieg über seine Feinde schenken und als Gegenleistung seine Seele erhalten. Anubis akzeptiert den Pakt, indem er ihm einen Skorpion schickt, den der König umgehend verzehrt. Daraufhin entsteht um den König herum eine prächtige Oase, die fortan sein Refugium und seine Heimat ist. Um ihm den Sieg über seine Feinde zu erleichtern, erhält er von Anubis außerdem zur Unterstützung dessen Armee. Wie erwartet, besiegt der Skorpionkönig all seine Feinde, woraufhin sich Anubis seiner Seele bemächtigt und den König zwingt, ihm für alle Ewigkeit zu dienen. Die Armee des Anubis wird zurück in die Wüste geschickt, wo sie „schweigsam wartet“.
Ägypten, 1933. Rick und Evelyn O’Connell, die Protagonisten aus Die Mumie, haben inzwischen geheiratet und mit dem jetzt achtjährigen Alexander ein gemeinsames Kind. Bei Ausgrabungen in einem Tempel in der Gegend von Theben ist Rick auf der Suche nach seinem naseweisen Sohn, während Evelyn immer wieder geheimnisvolle Visionen hat, die ihr von einem früheren Leben berichten. Das Paar findet in den Katakomben des Tempels schließlich den Armreif des Anubis, welcher den Weg zur Ruhestätte des Skorpionkönigs weist. Ungefähr zur gleichen Zeit gelingt es der mysteriösen Meela Nais, einer Reinkarnation Anck-Su-Namuns, und einer von dem kaltblütigen Lock-Nah angeführten Söldnerhorde, das versunkene Hamunaptra auszugraben und die Mumie Imhoteps zu bergen. Da Meela vom Fund der O’Connells und deren Abreise nach England erfahren hat, folgt sie der Familie.
Inzwischen sind die O’Connells wieder in London angekommen, wo Evelyn Rick die Geschichte des Skorpionkönigs und seiner Ruhestätte erzählt: Der Skorpionkönig soll alle 5000 Jahre[2] erwachen und Tod und Zerstörung über die Erde bringen. Wer ihn aber besiegt, erhält den Oberbefehl über seine nahezu unbesiegbare Armee. Die Pyramide im Herzen der Oase, in welcher der Skorpionkönig haust, soll aus purem Gold sein. Ramses IV., Alexander der Große, Julius Caesar und Napoleon haben Expeditionen nach ihr ausgesandt, von denen niemand jemals zurückkehrte. Zur gleichen Zeit öffnet Alex den altägyptischen Kasten mit dem Armreif und legt ihn an. Der Armreif schließt sich automatisch und Alex hat Visionen von den Pyramiden von Gizeh sowie vom Karnak-Tempel. Als er versucht, den Armreif wieder abzunehmen, gelingt es ihm nicht. So legt er eine wertlose Skulptur in die Kiste, aus der er den Armreif entnommen hatte, und schließt sie wieder.
Meela und Lock-Nah betreten daraufhin das Anwesen, um den Armreif zu stehlen. Es kommt zum Kampf, den die O’Connells zwar gewinnen, allerdings entführen die Söldner Evelyn. Rick und sein Schwager Jonathan kommen zu spät, treffen aber Ardeth Bay wieder, der ihnen fortan zur Seite steht. Alex präsentiert den Herren dann den Armreif, welchen er noch immer trägt, und führt die Abenteurer außerdem noch auf die Spur von Hafez, dem Kurator des Britischen Museums. Allerdings muss Ricks Sprössling erfahren, dass das Anlegen des Reifes die nächste Apokalypse heraufbeschworen hat.
In den Kellern des Museums werden Rick und Ardeth Zeugen, wie Hafez Imhotep in einem Ritual in Anwesenheit von Lock-Nah wiedererweckt, während Jonathan und Alex vor dem Museum das Auto zur Flucht bewachen. Der Plan der Bösen wird offensichtlich: Sie wollen durch den unsterblichen Hohepriester den Skorpionkönig töten und durch ihn die Armee des Anubis übernehmen lassen. Zugleich soll Evelyn ihm geopfert werden. Rick kann Evelyn befreien und zusammen mit Ardeth Bay Imhoteps untote Schergen während einer Verfolgungsjagd in einem Doppeldeckerbus durch die nächtliche Hauptstadt besiegen. Doch danach wird Alex von Lock-Nahs Truppen entführt, da dieser inzwischen herausgefunden hatte, dass der Junge den dringend benötigten Armreif am Handgelenk trägt.
Für die von Rick angeführte Rettungstruppe beginnt daraufhin ein Wettlauf mit der Zeit, da sie erstens Alex zurückholen und zweitens vor den Bösewichten rund um Imhotep in der Oase von Ahm Shere sein müssen, um den Plan des Hohepriesters zu vereiteln. Während Imhotep seine fleischliche Gestalt ritusmäßig wiedererhält, Anck-Su-Namun in Meela Nais’ Körper wiedererweckt und mit Hilfe von Alex seinem Ziel näher kommt, will Rick seinen alten Kumpel Izzy einspannen. Der besitzt ein schnelles Luftschiff, ist jedoch bei Ricks Anblick entsetzt, da dies ihn an schmerzvolle alte Zeiten erinnert. Erst das goldene Zepter, welches Jonathan als Andenken mit sich herumträgt, lässt Izzy umdenken, und die Gruppe macht sich auf in die Lüfte und nilaufwärts in Richtung der geheimnisvollen Oase. Ardeth Bay verabschiedet sich, um aus der Gesamtheit der zwölf Medjai-Stämme eine schlagkräftige Armee zu formen.
Während der Fahrt im Luftschiff hat Evelyn erneut Visionen, diesmal konkreter: Evy ist die Reinkarnation von Prinzessin Nefertiri, der Tochter von Pharao Sethos I., und gleichzeitig Beschützerin des Armreifes. Ankh-Su-Namun ist ihr ein Dorn im Auge, da sie die Affäre ihrer angehenden Stiefmutter mit Imhotep ahnt. Als sie kurz darauf die (aus dem Vorgängerfilm Die Mumie) bekannten Vorgänge rund um die Ermordung ihres Vaters beobachtet, ist sie es, welche die Medjai zur Rettung losschickt. Rick erfährt, dass eine Tätowierung an seinem rechten Unterarm, die er in einem ägyptischen Waisenhaus erhalten hat, ihn als „Krieger Gottes“, also selbst als einen Medjai kennzeichnet.
Trotz der riesigen Welle, die Imhotep mit dem Nil heraufbeschwört und die das Luftschiff fast zum Absturz bringt (eine Anlehnung an den entfesselten Sandsturm aus dem ersten Film, Erkennungsmerkmal ist jeweils Imhoteps Gesicht, das versucht die Helden zu verschlingen) gelangt O’Connells Gruppe zeitgleich mit dem Hohepriester in der Oase an. Hier lüftet sich nun das Geheimnis der verschollenen Armeen verschiedener Heerführer der Geschichte: Die Oase wird von mörderischen, zwergähnlichen und mumifizierten Pygmäen bewohnt, die sogleich Lock-Nahs Söldner dezimieren. Letzterer versucht in dem Chaos, Alex umzubringen. Gleichzeitig starten Rick, Evy und Jonathan einen Gegenschlag und befreien Alex – auch mit Hilfe des zurückgekehrten Ardeth Bay, der Lock-Nah ausschaltet. Die Pygmäen werden abgeschüttelt, und Rick gelingt es im letzten Augenblick, Alex mit dem Armband zur Pyramide zu bringen, bevor die aufgehende Sonne die Pyramide erreicht – was ihn im Falle des Misslingens getötet hätte.
Dann tauchen die Gegenspieler auf und Anck-Su-Namun sticht Evelyn nieder, während Imhotep die Pyramide betritt. Als er ein Siegel überschreitet, werden ihm seine magischen Kräfte genommen, und er muss als Sterblicher dem Skorpionkönig gegenübertreten. Hafez hat inzwischen die Anubis-Armee reaktiviert, welche sich daraufhin einen erbitterten Kampf mit den von Ardeth angeführten Medjai liefert. Alex und Jonathan beleben mittels des Buches Evelyn wieder, welche Anck-Su-Namun mit einem Messerkampf in Schach hält. Rick stört Imhotep bei dessen Ritual und liefert sich einen Kampf mit dem Hohepriester, in dessen Verlauf Mathayus erwacht: Der Skorpionkönig ist zu einem namensgleichen Monster mutiert und attackiert die Kämpfenden. Imhotep gibt sich als Diener aus und hetzt den Skorpionkönig auf Rick.
Während des Kampfes stellt Rick anhand von Wandreliefs fest, dass Jonathans goldener Stab das Zepter des Osiris ist, das, zu einem Speer umfunktioniert, den Skorpionkönig töten kann. Im letzten Moment kann Rick Imhotep den Speer entreißen und den Skorpionkönig töten, der sich daraufhin in schwarzem Sand auflöst – wie auch die Armee des Anubis. Dies setzt jedoch die Selbstzerstörung der Pyramide und somit der gesamten Oase in Gang. Rick wird von Evelyn vor dem Sturz in die Seelenhölle (vermutlich die verstorbenen Krieger des Skorpionkönigs) gerettet, während Imhotep traurig erkennen muss, dass Anck-Su-Namun zu einer solchen Tat nicht bereit ist, da diese vor lauter Feigheit versucht, ohne ihren Geliebten zu fliehen. Er wirft traurig lächelnd einen letzten Blick auf Evelyn und Rick und stürzt sich mit gebrochenem Herzen schließlich selbst in die Hölle. Anck-Su-Namun stirbt beim Sturz in eine Spalte mit giftigen Skorpionen.
Die Oase versinkt schnell im Wüstensand, und im letzten Moment werden Rick, Evelyn, Jonathan und Alex von Izzy in dessen Luftschiff gerettet. Jonathan gelingt es sogar noch, den riesigen Diamanten von der Spitze der Pyramide mitzureißen, womit das Abenteuer auch für ihn erfreulich zu Ende geht. Gemeinsam entfliehen sie der kollabierenden Ahm-Shere-Oase. Ardeth Bay hat ebenfalls überlebt und verfolgt glücklich ihren Flug, bevor er in die Wüste zurückreitet.