Ein Raumschiff von der Erde macht eine Bruchlandung in einer trockenen Landschaft auf einem unbekannten Planeten. An Bord befinden sich zwei Astronauten, Brent und der Kapitän. Ihr Auftrag lautet, den verschollenen Astronauten Taylor und seine Mannschaft zu finden. Als Brent kurz vor dem Absturz eine Überprüfung der Erdzeit auf den entsprechenden Instrumenten vorgenommen hat, hat er das Jahr 4955 (im Originalton: 3955) abgelesen. Da die beiden Astronauten dieselbe Flugbahn wie Taylor geflogen sind, geht Brent davon aus, dass Taylor und seine Crew ebenfalls abgestürzt sind. Als der Skipper kurz darauf stirbt und von Brent beerdigt wird, nähert sich ihm eine Frau auf einem Pferd: Es ist Nova, die stumme Frau, die im ersten Film der Reihe zusammen mit Taylor aus der Affenstadt geflohen war. Brent entdeckt Taylors Erkennungsmarke, die sie um ihren Hals trägt, und bittet sie, ihn zu Taylor zu führen, doch sie reitet mit ihm stattdessen direkt in die Stadt der Affen.
Dort findet gerade die Versammlung des Bürgerrats statt, auf der Gorilla-General Ursus die Affen dazu aufhetzt, Gebiete in der sogenannten „Verbotenen Zone“ militärisch zu erobern, um Land für Nahrung zu gewinnen und die dort vermuteten Menschen dem Affenvolk ebenfalls untertan zu machen. Ursus erklärt, dass nur die Affen die Fähigkeit besäßen, zwischen Gut und Böse zu unterscheiden, und nur ein toter Mensch ein guter Mensch sei.
Brent und Nova suchen die menschenfreundlichen Schimpansen Zira und Cornelius auf, die Brent unauffällige Kleidung geben und ihn ermahnen, gegenüber den Gorillas nicht zu sprechen. Bei ihrem Rückzug werden sie von Gorillas gefangen. Als sie als Ziele für Schießübungen benutzt werden sollen, ermöglicht Zira ihnen die Flucht. Sie werden von Ursus’ Soldaten in die „Verbotene Zone“ verfolgt und verstecken sich in einer unterirdischen Höhle. Brent erkennt, dass es sich um die ehemalige U-Bahn-Station Queensboro Plaza von New York City handelt und er sich somit auf der Erde befindet.
In der Zwischenzeit holt sich General Ursus von den Orang-Utan-Priestern den Segen, um einen Heiligen Krieg gegen die Menschen zu führen. Als die Gorilla-Armee unter General Ursus zusammen mit Professor Zaius loszieht, stellen sich ihnen pazifistische Schimpansen in den Weg und demonstrieren gegen den Krieg. Die Soldaten tragen sie weg, sperren sie ein und marschieren weiter in Richtung der „Verbotenen Zone“.
Brent und Nova gehen tiefer in die Höhle, weil sich ihnen die Soldaten nähern. Sie gehen einem Summton nach, der sie vorbei an den verfallenen Gebäuden von Bibliothek, Börse, Radio City Music Hall und zur St. Patrick’s Cathedral führt. Dort versucht Brent, Nova in einem Wasserbecken zu ertränken, nachdem ihm eine mysteriöse Stimme das befiehlt. In der Kirche trifft er auf eine Gruppe von Menschen, die sich nach einem nuklearen Holocaust aufgrund radioaktiver Strahlung zu Mutanten entwickelt haben, telepathische Fähigkeiten besitzen und eine Atombombe anbeten, die sie als heilige Waffe des Friedens bezeichnen.
Die Mutanten versuchen, die vorrückende Gorilla-Armee mittels telepathischer Sinnestäuschungen abzuwehren, was jedoch nicht gelingt. Brent wird in eine Zelle gesperrt, in der er auf Taylor trifft. Einer der Mutanten zwingt die beiden Männer sodann durch die Kraft seiner Gedanken, gegeneinander zu kämpfen. Während ihres Kampfes taucht Nova auf und spricht ihr erstes Wort aus: „Taylor“. Dadurch abgelenkt, können die Männer den Mutanten töten. Als Brent erzählt, dass die Mutanten eine Atombombe mit der Aufschrift „Α Ω“ besitzen, erklärt Taylor, dass dies die Bombe des Jüngsten Gerichts sei.
Die Gorilla-Armee stürmt das Höhlensystem. Als ein Soldat auf Brent, Taylor und Nova trifft und schießt, wird Nova getötet – ihr erstes Wort war auch ihr letztes. Nachdem die Affen in die Kapelle mit der Atombombe gelangt sind und die Mutanten getötet haben, kommt es dort zum Feuergefecht mit Brent und Taylor. Taylor wird angeschossen und bittet Zaius um Hilfe, doch der erklärt nur, dass die Menschen zu nichts anderem fähig seien als zu zerstören. Nachdem auch Brent getötet worden ist, zündet Taylor mit letzter Kraft die Atombombe.
Das Bild wird weiß, und es ist dies zu hören: „In einem der zahllosen Milchstraßensysteme des Weltalls liegt ein mittelgroßer Stern. Und einer seiner Satelliten, ein grüner, unscheinbarer Planet, existiert nicht mehr.“