Das junge Kaiserpaar verlebt eine glückliche Zeit, auch wenn sich Sissi auf Schloss Schönbrunn immer mehr ihres goldenen Käfigs bewusst wird. Erzherzogin Sophies Überwachung und das strenge spanische Hofzeremoniell engen Sissi zunehmend ein. Einzig die Reiseberichte ihres Hoflehrers über Land und Leute des österreichischen Kaiserreichs begeistern die Kaiserin und sorgen innerhalb der Schlossmauern für Ablenkung von der angespannten Beziehung zwischen Sissi und ihrer Schwiegermutter.
Auch die schwierigen politischen Verhältnisse trüben die junge Ehe, die österreichische Monarchie gerät in Gefahr – ein Krieg mit dem russischen Zarenreich droht, und auch die Unruhen in Ungarn geben Anlass zur Sorge. Sissis Einfluss schließlich bewegt den jungen Kaiser Franz Joseph zu einer Generalamnestie der politischen Gefangenen in Ungarn, wodurch eine Annäherung zwischen Österreich und Ungarn möglich wird.
Anlässlich eines Empfangs zu Ehren des ungarischen Militäradels kommt es zum Eklat: Erzherzogin Sophie verweigert den ungarischen Gesandten die Audienz, woraufhin diese empört die Veranstaltung verlassen wollen. Sissi kann das Schlimmste verhindern; sie lässt zur Damenwahl aufspielen und bittet den im Aufbruch begriffenen Grafen Gyula Andrássy zum Tanz. Noch während des ersten Wiener Walzers wird Sissi ohnmächtig und sinkt zu Boden.
Nach gründlicher Untersuchung erhält die junge Kaiserin von Hofarzt Dr. Seeburger die Nachricht, dass sie schwanger ist. Als ihre Tochter Sophie geboren wird, genießt Sissi ihre Mutterrolle. Doch ihre Schwiegermutter, Erzherzogin Sophie trübt das Mutterglück nach kurzer Zeit und nimmt gegen Sissis Willen, aber mit Franz Josephs Rückendeckung, das Neugeborene in ihre Obhut. Die Kaiserinmutter zweifelt an den Fähigkeiten der jungen Mutter, der kleinen Prinzessin die entsprechende Erziehung angedeihen zu lassen. Auch Sissi selbst sei schließlich noch ein halbes Kind und müsse sich zudem mit voller Kraft in den Dienst der österreichischen Krone stellen können. Verzweifelt verlässt die unglückliche Kaiserin Wien und flüchtet sich auf das elterliche Schloss ins bayerische Possenhofen.
Franz Joseph reist ihr nach. Erst von ihm erfährt auch Sissis Mutter, Herzogin Ludovika, den Grund für den unerwarteten Besuch ihrer Tochter. Sie macht ihrem Schwiegersohn klar, dass es ein Fehler war, Sissi von ihrem Kind zu trennen. Das Kaiserpaar versöhnt sich und verbringt unerkannt einige unbeschwerte Tage in Tirol.
Nach ihrer Rückkehr nach Wien kann erst ein gemeinsamer Auftritt der beiden ersten Damen des Kaiserreichs die Bevölkerung beruhigen. Hinter den Schlossmauern tobt weiterhin ein erbitterter Kampf um die Erziehung der kleinen Prinzessin Sophie. Schließlich reist Sissis Mutter nach Wien, um vermittelnd auf ihre Schwester, Erzherzogin Sophie, einzuwirken. Sissi, die nach dem endgültigen Zerwürfnis mit der Kaiserinmutter schon ihre Abreise geplant hat, nimmt nur noch auf hartnäckiges Bitten des ungarischen Grafen Andrássy an einem offiziellen Empfang der ungarischen Abordnung teil. Kurz vor Beginn des Empfangs kann Franz Joseph seiner Frau jedoch die freudige Mitteilung machen, dass seine Mutter eingelenkt hat und Sissi wieder die Erziehung ihres Kindes überlassen will. Der Streit zwischen den beiden führenden Frauen des Landes findet so ein glückliches Ende.
Das österreichische Kaiserpaar reist nach Ungarn, wo Franz Joseph zum König und Sissi zur Königin des ungarischen Volkes gekrönt werden.